拟南芥数据库（拟南芥数据库的使用）

本文目录一览：

• 1、基因组数据库的序列数据库
• 2、怎么在ECHA上查询NOAEL数据
• 3、求教perl大神，如何编写程序把拟南芥数据库中水稻基因组中29个SBP转录因子基因的序列下载下来，谢谢啊

基因组数据库的序列数据库

看过一个公众号，上面有这个数据库的教程。

拟南芥数据库（拟南芥数据库的使用）

拟南芥数据库（拟南芥数据库的使用）

这个简单。不过 没时间做。

NONCODE DB是一款综合性的数据库，该数据库是一个比较全面的ncRNA相关注释的数据库，尤其是lncRNA信息，不仅支持常用lncRNA的name、NONCODE ID（例如：NONHSAG000001）搜索，部分lncRNA支持其他数据库名字进行搜索。

该数据库目前收入了16个物种，主要是动物方面的，包括人、小鼠、大鼠、奶牛、鸡、果蝇、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、复鼠、鸭嘴兽、猩猩。

数据库包含信息丰富，包括表达、功能、与疾病关系、染色置、序列保守性等，并可进行序列Blast搜索，同时支持数据下载。目前更新为2017年4月6日更新的版本。

数据库的使用

基于这个数据库我们可以浏览所涉及物种的全部lncRNA信息，搜索感兴趣的lncRNA，功能查看，比对，下载等。

1）已知某lncRNA 的序列信息，想知道该lncRNA基因组上位置信息，功能如何？

只需要将序列信息粘贴到blast模块，（参数默认）

2）对于刚刚搜索的比较感兴趣的lncRNA进行功能的注释如下：

只需将lncRNA 的基因ID 输入到Function模块即可。

3）lncRNA的保守性分析：

在concervation模块中输入基因ID即可得到保守性分析树，

GenBank序列数据库涵盖了从完整基因组到单个基因等序列数据及部分注释信息，称一次数据库。此外，还有些更有针对性的基因组资源，或称专用数据库。这些专用数据库既包括了上述一次数据库的部分数据，也包括从其它数据库资源获得的信息或交叉链接。这种专门数据库主要分为两大类，一类是模式生物基因组数据库，另一类则与特殊的测序技术有关。这类数据库尽管也包含序列数据，但它们的特色主要是为某一特定的模式生物提供一个完整的数据资源，如酵母（Saccharomyces cerevisiae）、线虫（Caenorhabditis elegans）、果蝇（Drosophila melanogaster）、拟南芥（Arabidopsis thaliana）、幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）等。这些数据库从各个不同层次上搜集整理有关信息，以便对某个模式生物全基因组有一个更加完整的了解。

怎么在ECHA上查询NOAEL数据

看过一个公众号，上面有这个数据库的教程。

这个简单。不过 没时间做。

NONCODE DB是一款综合性的数据库，该数据库是一个比较全面的ncRNA相关注释的数据库，尤其是lncRNA信息，不仅支持常用lncRNA的name、NONCODE ID（例如：NONHSAG000001）搜索，部分lncRNA支持其他数据库名字进行搜索。

该数据库目前收入了16个物种，主要是动物方面的，包括人、小鼠、大鼠、奶牛、鸡、果蝇、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、复鼠、鸭嘴兽、猩猩。

数据库包含信息丰富，包括表达、功能、与疾病关系、染色置、序列保守性等，并可进行序列Blast搜索，同时支持数据下载。目前更新为2017年4月6日更新的版本。

数据库的使用

基于这个数据库我们可以浏览所涉及物种的全部lncRNA信息，搜索感兴趣的lncRNA，功能查看，比对，下载等。

1）已知某lncRNA 的序列信息，想知道该lncRNA基因组上位置信息，功能如何？

只需要将序列信息粘贴到blast模块，（参数默认）

2）对于刚刚搜索的比较感兴趣的lncRNA进行功能的注释如下：

只需将lncRNA 的基因ID 输入到Function模块即可。

3）lncRNA的保守性分析：

在concervation模块中输入基因ID即可得到保守性分析树，

求教perl大神，如何编写程序把拟南芥数据库中水稻基因组中29个SBP转录因子基因的序列下载下来，谢谢啊

看过一个公众号，上面有这个数据库的教程。

这个简单。不过 没时间做。