ubuntu安装conda ubuntu安装confd

conda和pip的区别

Python语法和动态类型，以及解释型语言的本质，使它成为多数平台上写脚本和快速开发应用的编程语言。anaconda可以用于在同一个机器上安装不同版本的软件包及其依赖，并能够在不同的环境之间切换。

2、作用不同

ubuntu安装conda ubuntu安装confd

ubuntu安装conda ubuntu安装confd

Anaconda(开源的Python包管理器)是一个python发行版，包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。包含了大量的包，使用anaconda无需再去额外安装所需包。

3确保这两个 cudatoolkit 的版本 相同 并且 小于nvidia-i显示的版本 应该就可以了。、性质不同

Python 是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。

Windows下Python中在命令提示符使用conda与pip安装的默认路径位置

D:ANACONDALibsite-packages

C:UsersadminApppython自身缺少numpy、matplotl参考：ib、scipy、scikit-learn等一系列包，需要安装pip来导入这些包才能进行相应运算。DataLocalProgramsPythonPython36

安装R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 问题解决

一系列验证命令：

安装R包（ade4）时遇到以下问题（缺少库文件）：

从报错信息可以看出报错根本原因是找不到lapack和blas库（-l 是lib（2）为虚拟环境创建kernel文件：conda install -n 环境名称 ipykernel的意思，xxx是库名）

1，（4）验证是否创建对了：主要查看python的版本号 + 特殊的库直接在Linux系统下搜索（Linux下运行，而非R环境下运行）

注，搜索的是-lxxx中的xxx（-l 是lib的意思，xxx是库名）

blas搜索结果：

lapack搜索结果：

此时是装在默认路径下的anaconda/lib目录下

4，重新安装R包

conda和pip的区别

Anaconda是一个打包的，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，所以也称为Python的一种发行版。

2、作用不1. 同

3、性质不同下面从用conda安装虚拟环境开始，以pytorch的安装作为测试。下面都是Miniconda下进行的。

Python 是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。

使用anaconda以后再要使用不在conda环境中的包，要怎么安装

deeptools在python2下表现更好。

任何语言的包，依赖和环境管理：Python，R，Ruby，Lua，Scala，Ja，Jascript，C / C ++，FORTRAN

Conda是一个开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 它适用于Linux，OS X和Windows，是为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。

Conda包括在Anaconda和Miniconda。 Conda也包括在Anaconda的Continuum中，它为Python，R，Node -ailiable packages.js，Ja和其他应用程序堆栈提供现场企业包和环境管理。 Conda在pypi中也是可用的，虽然这种方法可能不是的。

Miniconda是一个小的“如果没有root权限要解决软件依赖的问题：”版本，只包括conda，Python和它们依赖的包。 超过720个科学软件包及其依赖项可以使用“conda install”命令从Continuum存储库单独安装。

Anaconda包括conda，conda-build，Python和超过150个自动安装的科学包及其依赖项。 与Miniconda一样，可以使用“conda install”命令单独安装超过个额外的科学软件包。

pip install conda使用pypi上发布的版本。 此版本允许您使用任何python安装创建新的conda环境，然后将新版本的Python安装到这些环境中。 这些环境仍被认为是“Anaconda安装”。

conda 命令是管理Anaconda安装的主要接口。 它可以查询和搜索Anaconda软件包索引和当前的Anaconda安装，创建新的conda环境，以及在现有的conda环境中安装和更新软件包。

jupyter多个虚拟环境间切换

二进制版本

jupyter只需安装一个即可。用conda（不管是Anaconda还是Miniconda）一般会创建多个虚拟环境，这些环境中的python版本以及各种库的配置和版本也都是不一样的，此时我们希望jupyter能为每个虚拟环境单独处理！

初始：从Anaconda Prompt中打开cmd，此时显示的初始conda环境为（base）环境！

创建命令：conda create -n pytorch_gpu

效果：创建的名为pytorch_gpu的虚拟环境会在暗转的Miniconda下的envs文件夹中！

激活命令：conda activate pytorch_gpu

效果：环境从（base）变为（pytorch_gpu）；说明已经进入成功；

安装命令：conda install pytorch torchvision torchaudio cudatoolkit=11.0 -c pytorch

进一步安装命令：

退出channel是有顺序的，一般保持bioconda在个，conda-forge在第二个。-defaults放。命令：conda deactivate

效果： 环境从（pytorch_gpu）变回（base）；说明已经退出效果：把pip、numpy、cudatoolkit、pywin32都一并安好成功；

（3）在jupyter中激活这个kernel文件：python -m ipykernel install --user --name 环境名称 --display-name '显示的名称'

注：创建好jupyter notebook的 'pytorch_gpu' 虚拟环境后，可以在 任何地址 处创建.ipynb文件！ 即 ' 虚拟环境的创建位置 ' 与 '相应的.ipynb文件的创建位置' 是不一样的！

jupyter多个虚拟环境间切换

jupyter只需安装一个即可。用conda（不管是Anaconda还是Miniconda）一般会创建多个虚拟环境，这些环境中的python版本以及各种库的配置和版本也都是不一样的，此时我们希望jupyter能为每个虚拟环境单独处理！

初始：从Anaconda Prompt中打开cmd，此时显示的初始conda环境为（base）环境！

创建命令：conda create -n pytorch_gpu

效果：创建的名为pytorch_gpu的虚拟环境会在暗转的Miniconda下的envs文件夹中！

激活命令：conda activ注：退出命令不需要后面跟“虚拟环境名”，因此此时已经在环境内了。ate pytorch_gpu

效果：环境从（base）变1、安装包大小不同为（pytorch_gpu）；说明已经进入成功；

安装命令：conda install pytorch torchvision torchaudio cudatoolkit=11.0 -c pytorch

进一步安装命令：conda和pip的区别如下：

退出命令：conda deactivate

效果： 环境从（pytorch_gpu）变回（base）；说明已经退出成功；

（3）在jupyter中激活这个kernel文件：python -m ipykernel install --user --name 环境名称 --display-name '显示的名称'

注：创建好jupyter notebook的 'pytorch_gpu' 虚拟环境后，可以在 任何地址 处创建.ipynb文件！ 即 ' 虚拟环境的创建位置 ' 与 '相应的.ipynb文件的创建位置' 是不一样的！

在同一个conda环境下安装tensorflow和pytorch

如果想找其它兼容的D:ANACONDAenvs版本怎么弄呢？

为啥要装在一个环境里呢，比如我256G固态的笔记本硬盘空间珍贵，比如实验室里公用的一个人只允许新建一个conda虚拟环境，这里就是找到一个兼容的版本，也没啥好啰嗦的。

首先打开 nvidia-i 确保右上角cuda版本大于 10.0 。

先用nvidia-i确定本机cuda版本，比如是 11.0

Anaconda(开源的Python包管理器)是一个python发行版，包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。包含了大量的包，使用anaconda无需再去额外安装所需包。再比如

【Linux】生物信息软件安装过程

（1）安装必备的包：pip install ipykernel

小炒：搜索 “conda cheatsheet”

3，将anaconda/lib下的文件链接到ld所在bin目录同级的lib目录下

好处：

tree 的安装只需后两步，且一步的时候要做修改，记得去看 Read me 。

添加channel

创建软链接 ,相当于在桌面创建了快捷方式： ln -s

例： ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin

搜索生信软件

Tips

以 ncbi-blast ,'sra-toolkit','hisat2'为例

预编译版本

以 zlib 为例，samtools依赖的软件。

三部曲解读：

修改makefile的变量名

python包软件管理工具

conda 安装deeptools

链接：

2.

举两个例子：

bilibili：zhougengxu